香蕉根系转录组SSR位点信息分析

作者：王静毅; 刘菊华; 王卓; 金志强; 徐碧玉^*

来源：中国农学通报, 2019, 35(28): 38-43.

• 香蕉
• 根系
• 转录组
• SSR位点信息

旨在为开发新的香蕉功能基因相关的且多态性良好的SSR标记提供依据。利用MISA工具对香蕉根系转录组unigene序列进行SSR检索,并设计SSR引物,分析香蕉根系转录组中的SSR位点信息。从25158条unigene中共发现4663个SSR,分布在3820条unigene序列中,出现频率为18.53%,平均每7.77 kb含有1个SSR位点,共有58种重复基元。香蕉根系转录组中,二、三核苷酸重复基元所占比例最大,分别为40.50%和40.63%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,分别占该重复基元的88.03%和30.83%。SSR重复次数以5～9次为主,基序长度主要分布于12～20 bp,平均长度为18.80 bp。香蕉根系转录组SSR位点频率、密度较高,类型多样,在香蕉遗传多样性研究及分子标记辅助育种中有较大应用潜能。

• 单位
  中国热带农业科学院海口实验站; 农业部; 中国热带农业科学院热带生物技术研究所