全基因测序分析粪肠球菌利奈唑胺耐药相关变异位点的研究

作者：陈重; 李多云; 程航; 邓向斌; 邓名贵; 潘伟光; 杨唯枝; 王红燕; 姚伟明; 余治健; 邓启文

来源：中国病原生物学杂志, 2015, 10(09): 792-795.

DOI：10.13350/j.cjpb.150906

• 粪肠球菌
• 利奈唑胺
• 高通量测序
• 全基因组序列

目的通过全基因组序列研究利奈唑胺敏感株和诱导耐药粪肠球菌之间基因位点差异,分析利奈唑胺耐药相关基因变异位点。方法粪肠球菌ATCC29212菌株用浓度梯度的利奈唑胺进行耐药性诱导,最终获得利奈唑胺耐药的粪肠球菌株LRS29212。提取其总DNA,进行PE(paired end或称双端)测序,采用软件SPAdes进行序列拼接,拼接获得原始scaffold,然后用Gapcloser及GapFiller对scaffold补Gap,采用PrInSeS-G进行序列校正,最终获得全基因组序列。获得的全基因序列与标准株ATCC29212菌株基因组序列(PUBMED公布序列)作比较,获得变异基因位点,并对变异基因功能进行注释。结果通过32代诱导,获得了粪肠球菌LRS29212,其MIC值为128μg/ml;粪肠球菌LRS29212全基因组包含3 010 552碱基对,GC含量37.3%。基因组通过注释后总共有2 918个编码序列(CDS),53个tRNA的编码基因,以及5个完整的rRNA基因编码的操纵子,获得PUBMED全基因序列号(PRJNA257022);总共找出152个SNP,其中错义突变的SNP有24个,包含结合糖ABC转运ATP结合蛋白。结论经LZD诱导成功获得耐LZD粪肠球菌LRS29212菌株,测序分析该菌株存在基因突变位点,为进一步研究LZD耐药机制奠定了基础。

• 单位
  深圳市南山区人民医院; 广东医科大学