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摘要
目的：基于生物信息学探索糖尿病肾病（DKD）肾小管差异表达基因（DEGs）与相关信号通路，结合蛋白互作（PPI）网络分析与比较毒理基因组学数据库（CTD）筛选在DKD肾小管病变中发挥关键作用的基因。方法：选取基因表达公共数据库（GEO）中芯片数据集GSE30529与Karolinska肾脏研究中心RNA-seq数据集，采用R4.03软件的“limma”和“DESeq2”包分析两个数据集共有的DEGs，设定筛选阈值为差异倍数≥2,P<0.05。应用clusterProfiler包进行GO分析和KEGG信号通路富集分析，STRING数据库建立PPI网络，Cytoscape和CTD筛选DKD核心基因。结果：共得到277个DEGs,DEGs的GO分析主要表现于细胞外基质组织，涉及免疫反应、中性粒细胞激活、免疫效应调节等生物学过程。KEGG信号通路分析结果表明，吞噬小体、补体及凝血级联反应、趋化因子信号通路、糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路及NF-κB信号通路参与DKD肾小管病变的发生、发展。通过PPI网络及CTD数据库联合分析筛选出CXCL1、CXCL8、CCL5、FN1及EGF共5个关键基因。结论：本研究从转录组水平对两个不同来源数据集进行联合分析，有利于了解DKD肾小管病变发生的潜在分子机制，为进一步研究提供了有意义的线索。
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单位山东大学齐鲁医院; 枣庄市市中区人民医院
