辣椒CaPME基因家族鉴定及表达分析

作者:匡小妍; 段盼盼; 魏敏; 刘芳; 马玉虎; 马艳; 张涛; 魏兵强*
来源:甘肃农业大学学报, 2023, 1-16.

摘要

【目的】了解辣椒(Capsicum annuum L.)CaPME(Capsicum Pectin methylesterase)基因家族及其表达模式,为深入探索其抵抗逆境过程中的作用以及培育新型抗逆品种提供参考。【方法】本研究采用生物信息学方法对其进行鉴定分析。【结果】在辣椒中有64个CaPMEs基因家族成员,所有成员C末端均含保守结构域Pectinesterase,部分成员N末端含有PMEI结构域;CaPMEs基因的外显子数量为1-6个,基因大部分基序分布在N端,除了CaPME16、CaPME39和CaPME62,大部分基因基序长度在600个氨基酸范围内;分析顺式作用元件发现,在辣椒CaPMEs上游2000 bp序列中存在多种响应元件,包括光、激素、厌氧诱导、低温等响应元件;部分CaPMEs 家族成员在花药和子房中特异表达;部分基因在NaCl胁迫和冷胁迫下,具有特异性表达。【结果】本研究鉴定出64 个CaPMEs基因家族成员,部分基因在不同组织和非生物胁迫下存在特异表达。