自2019年新《政府会计制度》实施及财政部颁布《事业单位成本核算基本指引》,高校成本核算管理模式出现了转变,为此获得了会计理论基础与体制保障。但由于新政府会计制度在高校成本核算管理中实施时间较短,截至目前还未能建立一个健全的高校成本核算管理工作制度与体系。文章从成本核算管理体系构建、成本意识、财务风险管理机制、成本信息系统等四个方面阐述了北京市属高校成本核算中面临的问题,并结合政府会计制度给出相应的处理措施,期望以此促进政府会计制度下市属高校成本核算的稳定发展。