宏基因组Nanopore测序在儿童呼吸道病原微生物快速检测中的应用价值

作者：甘明宇; 李刚; 俞惠; 吴冰冰^*; 周文浩^*

来源：中国循证儿科杂志, 2020, 15(05): 378-381.

DOI：10.3969/j.issn.1673-5501.2020.05.011

• Nanopore测序
• 宏基因组测序
• 腺病毒
• 儿童呼吸道感染

目的探索宏基因组Nanopore(三代)测序在儿童呼吸道病原微生物快速检测中的应用价值。方法对收集的1例重症肺炎患儿的肺泡灌洗液标本,传统方法检测为腺病毒抗原阳性,肺炎支原体和EB病毒PCR检测阳性,患儿经治疗痊愈出院。以此肺泡灌洗液标本提取DNA后,分别行宏基因组三代和二代测序。建立微生物参考基因组数据库,建立三代测序数据实时分析流程,分别将三代和二代测序数据和参考数据库比对,检测并鉴定病原微生物。结果三代、二代测序和传统方法检测从收到样本至检出腺病毒用时分别为3.2 h、55.5 h和48 h,检测费用人民币4 200、3 600和1 790元。三代测序在开始后的12 min即检出1 093条腺病毒序列,测序完成后,共得到4 920 000条序列,检出腺病毒99 284条序列,占总序列数的2.02%;检出肺炎支原体和EB病毒序列各1条。二代测序检出的微生物组成和三代类似。结论宏基因组三代测序能实现对所有潜在儿童呼吸道病原微生物的快速实时检测。

• 单位
  复旦大学附属儿科医院