基于4个自噬相关LncRNA表达信息学分析构建肺鳞癌预后风险评分模型

作者：吴瑶; 何杰^*; 张维

来源：青岛大学学报(医学版), 2023, 59(05): 666-670.

• 自噬
• 预后
• 癌,鳞状细胞
• 肺肿瘤
• 计算生物学

目的 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库基于自噬相关长链非编码RNA(LncRNA)表达信息学分析构建肺鳞癌病人预后的风险评分模型。方法 从TCGA数据库和人类自噬基因数据库(HADb)下载肺鳞癌和正常肺组织的自噬基因表达谱数据及临床相关资料，计算肺鳞癌自噬基因的差异表达，筛选出与自噬基因相关LncRNA。采用单因素Cox风险回归和LASSO回归的方法筛选和建立自噬相关LncRNA预后模型，并通过实验验证筛选出的自噬相关LncRNA在肺鳞癌中的表达。结果 从TCGA数据库中下载得到502例肺鳞癌组织和49例正常肺组织的自噬基因表达谱，使用R软件中的Limma包进行差异基因分析(log2(fold change)的绝对值>1.5,伪发现率<0.05),得到差异表达的自噬基因30个，与自噬基因相关的LncRNA有89个。单因素Cox分析及LASSO回归分析得到基于4个LncRNA的预后风险模型：风险评分=0.26×AC245060.2+0.18×AL390719.2+0.23×AC012181.1+0.21×AL365356.4。该模型可较准确区分高、低风险病人，并且可独立于其他变量作为肺鳞癌预后的预测因子。实时定量PCR检测显示，AC245060.2、AL390719.2、AC012181.1、AL365356.4在肺鳞癌组织中的表达较正常肺组织高(t=17.35～69.28,P<0.05)。结论 本研究构建了自噬相关LncRNA预后模型，可为临床评估肺鳞癌病人的预后提供参考。

• 单位
  成都医学院第一附属医院