鹰嘴豆miR169家族的生物信息学分析及靶基因预测

作者：于月华; 王朝露; 倪志勇^*

来源：分子植物育种, 2021, 19(12): 3887-3895.

DOI：10.13271/j.mpb.019.003887

• 鹰嘴豆
• miR169
• 靶基因

在多种植物中miR169家族成员应答多种非生物胁迫,如高盐,低温和干旱。为了揭示Car-miR169的生物学功能,对Car-miR169家族13个成员的序列进行生物信息学分析及靶基因预测。染色体定位结果表明,11个Car-miR169成员分布在鹰嘴豆Ca1、Ca2、Ca4、Ca6和Ca75条染色体上,Car-miR169g和Car-miR169l分别定位在scaffold2734和scaffold362上。Car-miR169a和Car-miR169i在鹰嘴豆Ca1染色体上成簇存在。Car-miR169f和Car-miR169m在鹰嘴豆Ca7染色体上成簇存在。序列比对表明13个Car-miR169成员的成熟miRNA序列一致性为84.28%。13个Car-MIR169成员的前体序列的二级结构分析结果表明,成熟的miRNA序列均位于5’端,均形成稳定的茎环结构。进化树分析表明,Car-MIR169a、Car-MIR169c、CarMIR169d、Car-MIR169e、Car-MIR169g与苜蓿的Mtr-MIR169家族亲缘关系较近。Car-MIR169b、Car-MIR169f、Car-MIR169h和大豆Gma-MIR169家族聚在一个分支,Car-MIR169i、Car-MIR169j、Car-MIR169k、CarMIR169l和水稻Os-MIR169a聚在一个分支,而Car-MIR169m单独为一个分支。靶基因预测表明大部分CarmiR169家族成员的靶基因为核转录因子A亚基。鹰嘴豆8个组织的转录组数据分析表明Car-miR169i、Car-miR169j、Car-miR169k、Car-miR169l在叶、茎、花蕾、花和豆荚中不表达,Car-miR169e在茎中不表达,其他成员在8个组织中均表达。这些研究结果为研究鹰嘴豆Car-miR169家族成员及其靶基因的功能提供了基础。

• 单位
  新疆农业大学