羊口疮病毒F1L蛋白二级结构分析与表位预测

作者：王光祥; 尚佑军; 吕占禄; 张克山; 田宏; 刘湘涛

来源：中国人兽共患病学报, 2012, (12): 1185-1190.

• 羊口疮病毒
• F1L基因
• 二级结构
• 细胞表位
• 预测 ORFV
• F1L protein
• secondary structure
• cell epitope
• prediction

目的利用软件预测羊口疮病毒(ORFV)F1L蛋白的二级结构和细胞表位。方法利用SOPMA服务器预测ORFV F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件单参数(二级结构、亲水性、可及性、柔韧性及抗原性)预测结果为基础,通过二级结构预测初步筛选,并以ABCpred方案作为最终验证,预测羊口疮病毒(ORFV)F1L蛋白的B细胞表位;运用神经网络+量化矩阵法(ANNs+QM法)预测ORFV F1L蛋白的CTL细胞表位;使用MHC-II类分子结合肽在线程序预测ORFV F1L蛋白的Th细胞表位。结果 ORFV F1L蛋白含有α-螺旋34.71%、β-片层18.82%、β-转角5.88%、无规则卷曲40....

• 单位
  农业部; 家畜疫病病原生物学国家重点实验室; 中国农业科学院兰州兽医研究所