上海市浦东新区注射吸毒者HCV的进化分析与正选择位点研究

作者：王郁; 吴红岩; 赵希畅; 朱渭萍; 万千; 陆一涵; 姜庆五

来源：中华流行病学杂志, 2017, 38(03): 378-383.

DOI：10.3760/cma.j.issn.0254-6450.2017.03.021

• 丙型肝炎病毒
• 基因型
• 进化分析
• 正选择位点

目的了解上海市浦东新区注射吸毒者分离的HCV的基因分型,分析其病毒种群的增长演化过程与选择压力。方法采集美沙酮门诊注射吸毒者血清200份,扩增HCV NS5B377-nt核苷酸片段。结合同期当地的志愿献血者、MSM、法定报告丙型病毒性肝炎(丙肝)病例的分离序列,使用BEAST软件包分析主要基因型的进化速率和种群演变过程。采用Datamonkey在线软件包对注射吸毒者分离序列分析选择压力,并与直接抗病毒药物(Direct-acting antiviral,DAA)结合位点进行比对。结果美沙酮门诊注射吸毒者HCV RNA阳性检出率19.5%(39/200),其中基因分型分为3a亚型(14份)、3b亚型(13份)、1b亚型(7份)、6a亚型(4份)和6n亚型(1份)。注射吸毒者分离序列与其他人群序列同源性均较高。进化分析表明,HCV 1b亚型的理论感染人数于20世纪90年代开始增加且增速较快,3a与3b亚型则从90年代中期呈逐渐上升趋势。选择压力分析显示,注射吸毒者NS5B 377-nt片段确认有2个正选择位点,在7个DAA结合位点的突变率为2.2%。结论 HCV 3a和3b亚型是上海浦东注射吸毒者丙肝感染的主导基因型。而1b亚型在各人群中普遍分布,进化速率较快,其导致的感染数将持续上升。注射吸毒者HCV NS5B基因片段的DAA结合位点突变率低,预计药物结合效果较好。

• 单位
  复旦大学; 上海市浦东新区疾病预防控制中心; 公共卫生安全教育部重点实验室