刀鲚内皮素1基因SNP多态性及其与颌骨性状相关联分析

作者：高俊; 周琳; 聂志娟; 王耀辉; 徐钢春^*

来源：中国水产科学, 2023, 30(03): 259-267.

• 刀鲚
• Edn1基因
• 性状关联分析
• 双倍型分析
• 连锁不平衡

为探究刀鲚(Coilia nasus)内皮素1 (endothelin 1, Edn1)基因对刀鲚上颌骨长度的影响,根据此前的基因组重测序结果以及刀鲚基因组数据库,通过PCR扩增得到刀鲚Edn1基因序列,并使用直接测序法筛选并分析单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,分析各位点的基因型,并计算各位点的基本遗传参数、基因型频率和基因频率,将筛选出的SNP位点与刀鲚上颌骨长度性状进行关联分析、连锁不平衡分析和双倍型分析。结果表明,在刀鲚Edn1基因中共挖掘出5个SNP位点,分别为T134C、A418C、G1322A、C1607T、A1636C。G1322A与A1636C两个位点之间处于连锁不平衡状态。关联分析结果显示, T134C位点和A418C位点与上颌骨长度性状之间存在显著相关性;双倍型分析结果显示,T134C位点和A418C位点组成的双倍型中,D3(杂合TC和纯合AA)的上颌骨长度显著长于D1(纯合TT和杂合AC)和D2(纯合TT和纯合CC)。此外,刀鲚开口高度/头长和上颌骨长/头长的皮尔逊相关系数r=0.41,属中等正相关。研究结果表明, T134C位点和A418C位点是刀鲚上颌骨长度的优势位点,双倍型D3为优势基因型。本研究可为刀鲚长颌骨分子标记辅助选育的候选标记提供科学依据。

• 单位
  中国水产科学研究院淡水渔业研究中心; 上海海洋大学; 生命学院