介绍了永磁移相器的控制精度对X射线自由电子激光(FEL)的影响,分析其误差来源。针对传统运动控制系统检测过程复杂、手动操作精度低等缺点,提出了基于改进高斯牛顿非线性参数估计法的自动校正系统,阐述了校正理论与过程。利用该方法对欧洲X射线自由电子激光装置中的移相器做安装校正应用,使得每台移相器在高磁场应力的环境下间隙位移达到μm级控制精度,满足工程设计要求。