本发明公开了一种X射线脉冲双星光子序列仿真方法,包括(1)航天器处光子序列生成方法;(2)光子序列的动态性验证方法。本发明仿真产生了航天器处脉冲双星辐射的光子序列,包含了航天器运动特性、相对论效应,将传统的单脉冲星模拟扩展到脉冲双星的模拟,增强了脉冲星导航地面验证系统的模拟能力,为脉冲星导航实验开展和空间高能观测数据处理提供了仿真数据支持。