摘要
<正>人类肠道中定殖了庞大而复杂的微生物群落,是最多样化的宿主相关微生物组(microbiome)之一,由数百种微生物物种(species)和菌株(strains)组成。这些肠道微生物对人类的健康有着重要影响。同一微生物物种的菌株往往包括明显不同的基因组成或调控元件,这使得菌株具有不同的功能,包括在某些生态位的适应性、运动能力、毒力和抗生素抗性。同一物种的菌株变体可能在宿主健康和疾病中发挥不同的作用。虽然微生物组的菌株级差异的重要性已得到广泛重视,但在复杂的微生物群落中,肠道中复杂的化学分子环境影响了肠道的生态系统,因此在各种营养物质和代谢物存在的情况下,剖析密切相关的物种和菌株的功能和代谢一直是一个挑战[1]。