利用SSR分子标记技术对国内外55份扁桃属植物材料的亲缘关系进行了鉴定,使用12对SSR引物组合共扩增出75条扩增条带,并对其进行聚类分析,结果表明:扁桃属植物不同种以及不同品种间的遗传距离不同,在相似系数小于0.68时,大多数栽培扁桃品种聚为一类,栽培品种中同一种源区的大多数栽培品种能聚类在一起。从聚类图上看,普通栽培扁桃与新疆野扁桃间的亲缘关系比长柄扁桃、蒙古扁桃、西康扁桃以及榆叶梅间的亲缘关系更近。进一步证明利用分子指纹图谱能够对扁桃属种质资源进行科学系统的遗传分类。