本发明公开了一种类芽孢杆菌甲壳素酶及其应用。该类芽孢杆菌甲壳素酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,编码该类芽孢杆菌甲壳素酶的基因的核酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明利用大肠杆菌表达系统,可高效可溶性表达该甲壳素酶。然后,利用以该酶和另一种甲壳素酶的混合酶溶液为催化剂,协同水解离子液体预处理后的蟹壳粉,和单一酶催化过程相比,双酶协同催化的酶解效率提高了1.3-3.5倍。因此,该甲壳素酶及其协同另外一种甲壳素酶在蟹壳粉酶解过程中的应用,具有良好的工业应用前景。