文蛤转录组中微卫星位点生物信息分析

作者：田镇; 陈爱华^*; 吴杨平; 陈素华; 张雨; 曹奕; 张志东; 李秋洁

来源：海洋渔业, 2021, 43(02): 160-167.

DOI：10.13233/j.cnki.mar.fish.20210422.001

• 文蛤
• 转录组
• 微卫星特征
• 生物信息分析

采用生物信息学方法分析了文蛤(Meretrix meretrix)转录组中微卫星序列(简单重复序列,simple sequence repeat)的分布规律。结果表明:在文蛤转录组SSR中,单碱基重复序列的数量最多,有3 001个;其次为三碱基和四碱基重复序列,分别为2 254和2 200个;二碱基重复序列1 052个;五碱基重复序列332个;六碱基重复序列最少,仅13个。文蛤转录组SSR共包含26种重复基元,其中优势基元为单碱基重复A/T有2 809个,其次为三碱基重复AAC/TTG有907个,四碱基和二碱基重复中的AAAC/TTTG和AT/TA分别有588和561个,说明文蛤转录组微卫星位点的分布对A/T具有偏好性。文蛤完整SSR的平均长度为18.34 bp,长度分布在12～20 bp,约占41%。研究结果将为研究文蛤SSR标记开发、群体遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子遗传育种等后续研究提供基础数据。

• 单位
  上海海洋大学; 江苏省海洋水产研究所