目的探究宏基因组测序在临床重症感染患者寻找病原体中的应用。方法选取1例重症急性胰腺炎患者进行研究,研究时间为2018年3月~2019年2月,检测患者病原体,使用宏基因组测序。保留微生物基因组数据库,确定标本病原体。结果经检验发现患者感染金黄色葡萄球菌、耐甲氧西林、耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌,耐碳青霉烯的鲍曼不动杆菌;使用宏基因组测序在检出以上病原体基础上,检测巨细胞病毒。结论重症感染患者使用宏基因组测序可快速有效的寻找出病原体,有助于快速诊断重症者感染病,促进疾病的治疗。