瘤胃微生物RNA提取中样品前处理方法的优化

作者：刘思佳; 赵圣国; 郑楠; 王加启^*

来源：微生物学杂志, 2020, 40(01): 88-93.

• 瘤胃液
• 前处理
• 破碎温度
• RNA提取
• 优化
• RNA质量

通过优化瘤胃液前处理方法,提高瘤胃微生物RNA提取数量与质量。试验优化4个前处理条件,共组合形成5个处理组。前处理完成后,利用Trizol进行RNA提取,检测RNA浓度和完整度(RIN)。结果显示,提取瘤胃内容物和瘤胃菌体RNA浓度和完整度的影响没有显著差异(P>0.05)。液氮保存的样品提取的RNA浓度和完整度均显著(P<0.05)高于RNA保护液保存的样品。解冻处理对RNA浓度的影响无显著差异(P>0.05),但是不解冻处理提取的RNA完整度显著高于解冻处理(P<0.05)。液氮冷冻研磨提取的RNA浓度(P<0.05)显著高于常温研磨,但是对RNA完整度的影响没有显著差异(P>0.05)。瘤胃内容物、液氮速冻、不解冻处理结合冷冻研磨方法所提取RNA的RIN值为9.43,完整度最高。瘤胃内容物、液氮速冻、解冻离心收集菌体结合冷冻研磨方法所提取的RNA浓度为1 048 ng/μL,为最高浓度。因此,瘤胃内容物直接液氮速冻并在不解冻条件下冷冻研磨,所提取的RNA效果最好,可用于后续宏转录组学试验。

• 单位
  中国农业科学院北京畜牧兽医研究所; 动物营养国家重点实验室