生态补偿转移支付制度具有保护国家生态安全、助推乡村振兴战略、平衡环境权与发展权等多方面的积极意义。祁连山国家公园在生态转移支付制度的运行过程中暴露出由于立法体系性支撑不足、生态补偿项目不明确、标准不统一、事权模糊、外部监督缺位等制度方面的问题,这些问题导致生态补偿转移支付并不能发挥其预期的作用。可通过制定相应行政法规进行动态调整、明晰事权分配结构及生态补偿支付标准、创新信息公开方式等途径加以完善,以助推生态补偿转移支付资金更好地落到实处,从而促进国家公园建设。