肺炎克雷伯菌的芯片式数字PCR检测方法的建立

作者：台萃^*; 旷代; 张萍; 许杰; 张薇; 罗倩

来源：微生物学通报, 2022, 49(03): 1200-1213.

DOI：10.13344/j.microbiol.china.210818

• 肺炎克雷伯菌
• 芯片式数字PCR
• 绝对定量
• 病原菌检测

【背景】条件致病菌肺炎克雷伯菌是医源性感染最重要的革兰氏阴性菌之一，目前对该病原菌的核酸检测方法存在费时费力、灵敏度低、准确性差等问题。【目的】建立基于芯片式数字PCR的肺炎克雷伯菌检测方法。【方法】依据肺炎克雷伯菌的16SrRNA基因保守序列设计特异性引物和TaqMan探针，通过与实时荧光定量PCR的比较分析，确定了芯片式数字PCR方法的检测范围和最佳反应条件，并进行了方法特异性、灵敏性分析及临床菌株的检测。【结果】芯片式数字PCR检测灵敏度比实时荧光定量PCR提高了约1.5个数量级，最低检出限可达到3.77 copies/μL；优化后的芯片式数字PCR特异性与实时荧光定量PCR结果一致，方法的相对标准偏差(relative standard deviation,RSD)均小于25%；本研究利用优化后的芯片式数字PCR方法共检测了28株临床菌株，检测到14株为肺炎克雷伯菌，14株为其他种属，这也与实时荧光定量PCR检测结果一致。【结论】采用芯片式数字PCR技术建立了肺炎克雷伯菌核酸检测的绝对定量方法。该方法特异性好、灵敏度高、准确度高，适合肺炎克雷伯菌的核酸检测和定量分析，也为其他临床病原菌的分子检测提供了新的技术参考。

• 单位
  微生物代谢国家重点实验室; 生命科学技术学院; 上海交通大学