生信分析宫颈癌脂质代谢酶相关基因表达及功能

作者：李俞霆; 周常慧; 任敬秦; 姑丽克孜·买买提热夏提; 王苓杰; 艾尼帕·米尔沙力; 刘成清; 娜孜拉·赛提尼亚孜; 王佳博; 李榕

来源：生物技术, 2023, 33(03): 331-340.

DOI：10.16519/j.cnki.1004-311x.2023.03.0049

• 宫颈癌
• 生物信息学
• TCGA
• GEO
• 脂质代谢关键酶
• 免疫微环境
• 竞争性内源RNA
• 淋巴结转移

[目的]基于生信分析宫颈癌脂质代谢酶相关基因的表达及与淋巴结转移和免疫浸润的关系，并构建基因间调控网络。[方法]通过GEO、TCGA和GTEx数据集分析差异基因。检索STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络。利用WebGestalt网站对Hub基因进行GO和KEGG途径分析。使用R软件相关性分析获得脂质代谢关键酶相关基因，利用基因表达谱交互分析(GEPIA2)数据库和TIMER 2.0评估脂质代谢酶相关基因的表达水平及其与肿瘤免疫细胞浸润的相关性。最终通过starbase公共数据库构建竞争性内源RNA网络，筛选潜在治疗靶点。[结果]差异分析获得重叠DEGs共121个，利用Cytoscape软件筛选PPI网络共获得10个Hub基因CDC45、KIF2C、CDK1、ASPM、TTK、CDC6、DLGAP5、PLK4、NUF2和BUB1B。使用R软件及其他在线数据库发现，DLGAP5、TTK、BUB1B、ASPM和NUF2基因在宫颈癌中显著上调并分别与脂质代谢关键酶FASN呈显著正相关，且DLGAP5、TTK、BUB1B和ASPM与CD8+T细胞、CD4+T细胞、B细胞和巨噬细胞呈显著负相关；NUF2与CD4+T细胞和B细胞呈显著负相关，最终构建以脂质代谢酶相关基因介导的ceRNA网络。[结论]基于生信分析发现5个脂质代谢酶相关基因在宫颈癌中高表达，其在宫颈癌中与淋巴结转移和多个免疫细胞浸润显著相关，并通过构建ceRNA网络为后续深入研究其影响宫颈癌进展相关机制提供前期基础。

• 单位
  新疆医科大学; 公共卫生学院; 中国科学院深圳先进技术研究院