结直肠癌组织中差异表达cirRNA的筛选及功能分析

作者：李建祺; 张晶; 甄亚男; 魏飞力; 欧阳雅博; 肖瑞雪^*; 徐忠法^*

来源：山东医药, 2019, 59(08): 13-16.

• 结直肠癌
• 环状RNA
• hsa＿circ＿0079656
• HINFP基因
• 细胞周期

目的筛选结直肠癌组织中差异表达的环状RNA(circRNA),并分析其在结直肠癌发生发展中的作用。方法收集9例原发性结直肠癌患者的肿瘤组织及癌旁正常组织标本,根据TNM分期分为A(T1～3N0M0)、B(T4a～bN0M0)、C(T4a～bN1～2M0)组。用Affymetrix Clariom D芯片检测、筛选各组差异表达的circRNA并进行聚类分析和表达趋势分析,通过构建共表达调控网络筛选重点差异表达circRNA及其对应的mRNA。利用GO数据库和KEGG数据库分别进行基因功能注释分析和信号通路富集分析,最终筛选功能最显著的基因及其对应circRNA。结果 A组癌组织与癌旁组织比较,circRNA表达降低者有165个、升高239个;B组分别为284个、276个;C组分别为190个、220个。随着结直肠癌病情进展,差异表达circRNA的表达水平呈逐渐下降趋势。选择既符合主流表达变化趋势同时更具有统计学意义的circRNA群与共表达调控网络基因属性评分前10位的circRNA进行交集处理,筛选出8个与结直肠癌进展密切相关的circRNA即hsacirc0000007、hsacirc0001111、hsacirc0006977、hsacirc0079656、hsacirc0023608、hsacirc0024508、hsacirc0026694、hsacirc0029903。预测8个circRNA相应的mRNA,GO分析及KEGG分析结果显示,被富集的大部分基因及hsa03010通路主要参与核糖体RNA的加工与代谢、RNA的剪切与加工处理等细胞基础功能,其中hsacirc0079656相关的HINFP基因主要参与细胞周期中G1/S期转录过程调控。结论 hsacirc0079656在结直肠癌组织中低表达,且随结直肠癌进展表达逐步降低;其可能通过作用于HINFP基因调控细胞周期中G1/S期的转录过程,进而影响结直肠癌的进展。

• 单位
  首都医科大学附属北京佑安医院; 山东省医学科学院; 生命科学学院; 山东省医学科学院附属医院; 北京市肝病研究所; 济南大学