基于转录组测序技术进行静原鸡差异miRNA与mRNA的关联分析

作者：禹保军; 虎红红; 王卫振; 郭菊; 黄增文; 王影; 周子航; 顾亚玲; 蔡正云; 辛国省; 张娟^*

来源：基因组学与应用生物学, 2021, 40(01): 42-50.

DOI：10.13417/j.gab.040.000042

• 静原鸡
• 转录组测序
• 肌苷酸
• miRNA
• 富集分析

为探究静原鸡肌肉组织肌苷酸沉积过程的分子调控机制,本研究以静原鸡胸肌和腿肌组织作为试验材料,通过转录组测序技术,利用生物信息学分析方法筛选出差异表达miRNA及其靶基因。分析结果表明,静原鸡胸肌和腿肌组织的比较组合中有39个差异表达miRNAs (19个显著上调, 20个显著下调)。通过miRNA-mRNA互作网络分析可知,一个miRNA可以靶向多个m RNA参与调控多个靶基因的表达。GO富集分析表明,候选靶基因的功能主要富集于三个分支的单一生物过程、细胞内和结构分子活性等。KEGG通路注释表明,候选靶基因显著富集到碳代谢、蛋白酶体通路和氨基酸的生物合成等通路中。选取4个差异表达miRNA的与肌苷酸合成和代谢相关的候选靶基因(POLR2C, GMPR, IMPDH2和APRT)进行实时荧光定量PCR验证,结果表明,定量结果与转录组测序结果趋势一致。该研究结果为阐明地方鸡种肌苷酸特异性沉积过程中miRNA介导的靶基因与肉品风味的关系及其表达分析提供理论依据。

• 单位
  宁夏大学; 生命科学学院