菊花R病毒浙江湖州分离物的全基因组序列克隆及其进化和重组分析

作者：李佳鹏; 刘梦阳; 吴潇银; 叶增康; 仲雪婷; 王亚琴; 王占旗^*

来源：植物病理学报, 2023, 53(05): 831-840.

DOI：10.13926/j.cnki.apps.000656

• 菊花R病毒
• 基因组
• 系统进化分析
• 重组分析

为明确菊花R病毒(chrysanthemum virus R, CVR)的分子特征及其进化和重组关系，利用RNA-Sequencing技术与3′/5′-RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术对CVR浙江湖州分离物CVR-ZJHU1和CVR-ZJHU2进行克隆并获得其全基因组序列(GenBank登录号：ON137989和ON137990),并采用MEGA 11.0和RDP 4.1软件进行系统进化树构建和重组分析。结果表明：CVR-ZJHU基因组全长为8 873 nt(不包括polyA尾巴),包含6个开放阅读框(open reading frames, ORFs),其中ORF1编码一个RNA复制酶，ORFs 2-4编码3个运动相关蛋白(TGBp1、TGBp2和TGBp3),ORF5编码病毒衣壳蛋白(coat protein, CP),ORF6编码一个富半胱氨酸蛋白(cysteine-rich protein, CRP)。序列分析和系统进化分析结果显示，浙江湖州分离物(CVR-ZJHU1和CVR-ZJHU2)与浙江桐乡分离物(CVR-TX)同源性最高、亲缘关系最近，他们与CVR-TX分离物的核苷酸序列同源性分别为94.2%和93.7%。重组分析结果表明，CVR-ZJHU1为重组体，其主要父本为CVR-TX,次要父本为CVR-ZJHU2;而CVR-ZJHU2未与其他CVR分离物发生重组，且他们与中国北京分离物(CVR-BJ)以及俄罗斯分离物(CVR-X6、CVR-X13和CVR-X21)均无重组关系，说明CVR现在为小规模、局部范围内传播。

• 单位
  浙江大学; 湖州师范学院; 水稻生物学国家重点实验室