目的分析研究四倍体黄芩新品系D20和二倍体黄芩之间的遗传差异。方法采用ISSR分子标记技术对四倍体黄芩及二倍体黄芩之间的遗传差异进行研究。结果从100条引物中筛选得到9条ISSR引物用于正式扩增,多态性百分率为84.2%;遗传距离的变异范围是0.086 90.242 9,聚类分析结果将黄芩样本分为两大类,二倍体聚为一类,四倍体聚为另一类。结论四倍体黄芩新品系D20和二倍体黄芩存在明显的遗传差异,ISSR分子标记能有效的揭示材料间的多态性。