大蒜全基因组WOX基因家族鉴定及密码子使用偏性分析

作者：董新玉; 邓浪; 张亚春^*; 陈国发; 李树锋

来源：西南农业学报, 2022, 35(02): 285-293.

DOI：10.16213/j.cnki.scjas.2022.2.005

• 大蒜
• 全基因组
• WOX基因家族
• 密码子使用偏性

【目的】在大蒜(Allium sativum)全基因组中鉴定WOX基因家族，并进行密码子使用偏性分析，为进一步研究大蒜WOX基因家族的功能提供重要依据。【方法】利用生物信息学方法，鉴定分析大蒜WOX基因家族及其密码子使用偏性。基于GEO测序(RNA-seq)数据，分析大蒜WOX基因家族在大蒜鳞茎不同发育时期及其他组织中的表达模式。【结果】从大蒜基因组中鉴定到16个大蒜WOX基因家族。系谱进化分析发现：大蒜WOX基因家族被划分为3个进化支，分别属于远古支、中间支和WUS支。保守结构域分析发现：它们均含有68个氨基酸组成的保守结构域。密码子使用偏性分析发现：该基因家族密码子使用偏性较弱并受GC3s的影响，同时，该基因家族存在27个高频密码子和14个最优密码子，且大多数偏向于A/U结尾。基于RSCU值和CDS序列聚类发现：基于CDS序列聚类能更加准确表达该基因家族之间的进化关系。ENC-Plot和PR2-plot分析发现：该基因家族密码子使用偏性主要受选择压力的影响。最佳外源表达系统发现：拟南芥更适合用于该基因家族的外源表达系统。表达谱分析发现：该基因家族在鳞茎发育不同时期、叶片、假茎和根中存在差异表达。【结论】本研究为进一步弄清大蒜WOX基因家族在大蒜生长发育过程中的作用提供了科学依据。

• 单位
  云南农业职业技术学院