“五脏应时”是中医藏象理论的核心内容,其深刻内涵及机制尚未完全阐明。本文基于系统科学的自组织原理,通过论述脏腑自组织系统是“五脏应时”的内在基础,从而阐明其系统科学内涵及机制,提出“五脏应时”是通过脏腑自组织形成的“功能—时间—空间”结构,其“应时”过程是机体从自然获取有序性的机制,因此“应时关系”紊乱会导致季节性疾病的发生,并提出“应时令之序,愈自组织能力,调人天关系”的养生防病基本法则。正确理解“五脏应时”的内涵及机制有助于解释季节性疾病的发作,指导临床养生防病和辨证论治。