不同叶龄红小豆叶片的转录组分析

作者：董伟欣; 张磊; 李东晓; 张月辰^*

来源：福建农林大学学报（自然科学版）, 2023, 52(03): 285-293.

DOI：10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2023.03.001

• 红小豆
• 3叶龄和6叶龄叶片
• 转录组
• 实时荧光定量PCR

为揭示红小豆苗期不同叶龄基因表达量的变化，以晚熟品种‘唐山红小豆’为材料，通过RNA-Seq技术对3叶龄和6叶龄红小豆叶片进行转录组比较分析.结果表明：两个样本的转录组测序共得到94.1×106个原始reads,过滤后得到92.31×106个clean reads, Q30比例为94.17%,GC含量为43.68%,能定位到基因组序列上的碱基数占97.77%,在参考序列上有唯一比对序列数占93.07%;两个样本共获得6 314个差异表达基因，其中，3 059个基因上调表达，355个基因下调表达，对差异基因进行GO和KEGG分析，发现差异表达基因主要富集在光信号接收、昼夜节律、光合作用—天线蛋白、淀粉蔗糖和植物激素信号转导等代谢途径上，其中植物激素信号转导代谢途径中的差异表达基因数目最多，达108个；从昼夜节律、天线蛋白和植物激素信号转导代谢途径中各选取2个差异显著的基因进行验证，结果与FPKM值趋势一致.红小豆转录组测序数据准确可靠，苗期生长发育受到光合作用、淀粉和蔗糖、昼夜节律和植物激素等代谢途径的调控，为红小豆的开花结荚提供保障.该结果为进一步研究红小豆苗期生长过程中相关基因的动态变化提供依据.

• 单位
  河北农业大学; 河北省广播电视大学