本发明公开了一种蒽醌类药物和核酸复合物纳米递送体系及其制备方法与应用。该蒽醌类药物和核酸复合物纳米递送体系包括核酸和亲水性聚合物修饰的蒽醌类药物;所述蒽醌类药物为含有伯胺、仲胺和叔胺中至少一种基团的蒽醌类药物。组装成的纳米颗粒,可以提高核酸在体内的稳定性,并且结合小分子药物,实现协同作用。