头颈部鳞状细胞癌中与p53突变相关基因的鉴定

作者：李倩云; 陈冬^*; 黄子瑞; 吴超颖; 贾芳

来源：现代肿瘤医学, 2020, 28(17): 2968-2973.

• 头颈部鳞状细胞癌
• p53变异
• WGCNA
• 共表达网络
• 模块
• 中枢基因

目的:探讨在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中与p53突变相关的潜在关键基因。方法:从GEO数据库中下载芯片数据GSE107591,用R语言加权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)包构建基因共表达网络并划分模块。选择与p53变异相关的基因模块进行GO分析和KEGG通路分析,并结合cytoscape筛选中枢基因。结果:基因共表达网络包括7个模块。其中蓝色(blue)模块与p53变异呈正相关,GO富集分析结果为细胞外基质组织等,KEGG通路为ECM受体相互作用等。蓝色模块的中枢基因为TPX2,CCNB2和DLGAP5。绿松石(turquoise)模块与p53变异呈负相关,GO富集分析结果为转录、DNA模板化等,KEGG通路为细胞黏附分子等。绿松石模块的中枢基因包括VWA3A,ARMC4,CFAP46和C11orf88(并列第三)。结论:通过WGCNA的方法能够从转录组数据中挖掘到头颈部鳞状细胞癌中与p53变异相关的重要基因,为疾病研究提供新的候选基因和分子机制。

• 单位
  锦州医科大学