基于单分子实时测序的油莎豆全长转录组分析

作者：邹智; 赵永国; 张丽; 孔华; 郭运玲; 郭安平

来源：中国油料作物学报, 2021, 43(02): 229-235.

DOI：10.19802/j.issn.1007-9084.2020230

• 油莎豆
• 油料作物
• 全长转录组
• 单分子实时测序

油莎豆以其适应性广、产量和含油量高而成为我国的新型油料作物。为解析油莎豆的遗传基础,服务于育种和分子生物学研究,采用单分子实时测序技术构建了油莎豆高质量的全长转录组,混合样本的组织来源包括块茎、匍匐茎、根、芽、叶片、叶鞘、花、花茎等。研究基于23.20 Gb高质量的原始数据提取获得环形一致序列319 568条,其平均长度和测序深度分别为2101 bp和43×;通过聚类、校正和去冗余最终得到高质量的序列57 849条,合计121.79 Mb;转录组的完整性约为79.58%,其中约有76.20%的为全长转录本;通过比对NR、Swissprot、GO、KOG、eggNOG、Pfam、KEGG等数据库,共获得52 424条序列的注释信息,注释比例约为90.62%;此外,研究还预测获得3759条lncRNA、43 060个SSR位点以及2300条转录因子序列。这些结果不仅增加了我们对油莎豆遗传特性的认知,同时还为下一步开展基因表达谱分析、功能基因的挖掘与利用等奠定了坚实的基础。

• 单位
  中南民族大学; 生命科学学院; 中国热带农业科学院热带生物技术研究所; 广东石油化工学院