为克服时钟钟差对脉冲星方位误差估计的影响,设计了两步卡尔曼滤波(two-stage Kalman filter,TSKF)算法。首先,分析时钟钟差对脉冲星方位误差估计的影响,并通过仿真进行验证。其次,结合脉冲星方位误差估计原理重新推得考虑时钟钟差的状态和观测方程。再次,根据TSKF算法,在估计方位误差的同时解耦估计时钟钟差。最后,仿真结果显示,当钟差导致传统算法估计偏差较大时,TSKF算法依然能有效抑制钟差的影响,使赤经和赤纬误差估计精度均保持在0.1mas以内。