三种游离核酸提取试剂盒对血浆cfDNA提取性能的比较

作者：应超; 蔡燕宁^*; 郝淑文; 王婷; 刘沅贺; 赵立芳^*

来源：实用医学杂志, 2023, 39(12): 1556-1563.

• 游离DNA
• 提取试剂盒
• 核酸提取

目的 综合评估3种游离核酸（cfDNA）提取试剂盒，以筛选出经济可靠的商品试剂盒。方法 我们使用了3种不同的试剂盒提取10名健康人血浆中的cfDNA，并使用Agilent 2100生物芯片分析仪对cfDNA片段大小和丰度进行评估。同时，我们还使用微滴式数字PCR(ddPCR)对cfDNA中的核糖核酸酶P蛋白亚基p30(RPP30)、NADH脱氢酶亚基1(ND1)、NADH脱氢酶亚基4(ND4)基因拷贝数进行定量，并利用实时荧光定量PCR(q PCR)检测cfDNA中藤黄节杆菌序列（ALU）ALU115和ALU247的浓度。此外，我们还在混合血浆中掺入50～766 bp的DNA Ladder，然后使用上述3种提取试剂盒对其进行提取，并使用Agilent 2100生物芯片分析仪分析各DNA片段的浓度，以计算不同试剂盒对不同大小的DNA片段的回收率和提取偏好性。结果 3种试剂盒从健康人血浆中纯化的100～300 bp cfDNA浓度分别为（5.10±1.99）、（4.64±3.09）和（1.82±1.29）ng/mL(P=0.006)。Kit A所提取的RPP30拷贝数显著高于Kit C(P=0.018)，而Kit A和Kit B所提取的ND1和ND4拷贝数也均显著高于Kit C(P=0.001;P=0.001;P=0.001;P=0.001)。此外，Kit A所提取的cfDNA中，ALU 115和ALU 247的浓度也显著高于Kit C(P=0.009;P=0.003)。3种试剂盒对混合血浆中掺入的外源性DNA Ladder的回收率差异有统计学意义（P <0.001），同时Kit B和Kit C对不同大小的DNA片段也存在提取偏好性。结论 Kit A性能最佳，Kit B是一种低成本替代方案，其工作流程更简单省时。

• 单位
  河北医科大学第一医院; 神经内科; 首都医科大学宣武医院