新型冠状病毒Omicron变异株密码子偏爱性及其进化分析

作者：李亚飞; 罗春雨; 石哲芳; 刘奇^*

来源：中国人兽共患病学报, 2022, 38(07): 559-576.

• SARS-CoV-2
• Omicron变异株
• 聚类分析
• 系统发育
• 密码子偏爱性

目的 分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株各蛋白密码子偏爱性的变化，探索Omicron与其他关切变异株(Variant of Concern, VOC)密码子偏爱性的差异及进化关系。方法 从NCBI SARS-CoV-2数据库中收集标准株Wuhan-Hu-1及5种VOC全基因组编码序列，使用EMBOSS子程序CUSP、MEGA 11.0、Codon W等分析软件进行相关密码子偏爱性数据的计算，通过SigmaPlot 14.0、SPSS 22.0等软件进行数据统计分析并绘图。结果 Omicron变异株ENC均值为46.05±7.80,其S、E、ORF1ab、ORF1a蛋白编码基因密码子较其他VOC使用偏性减弱。相比Wuhan-Hu-1,Omicron关键蛋白RSCU与人类基因密码子更接近。基于密码子使用偏性的聚类分析结果显示，Omicron毒株S、ORF1a蛋白密码子与其他VOC毒株变异最大。结论 新现Omicron变异株S、ORF1ab等关键蛋白的密码子偏爱性减弱，密码子使用模式较Wuhan-Hu-1更接近人类基因，可能是其感染效率增加的原因。

• 单位
  基础医学院; 大理大学