基于稳健排序整合算法对胃癌治疗靶点及相关免疫细胞浸润分析

作者：周雪桐; 安彩艳; 张谦^*

来源：国际检验医学杂志, 2023, 44(20): 2433-2446.

• 稳健排序整合算法
• 胃癌治疗靶点
• 核心基因
• 免疫细胞浸润分析
• 预后
• 生物信息学

目的 采用稳健排序整合算法(RRA)筛选胃癌潜在的治疗和预后靶点，为胃癌的早期诊断、预后评估和诊断试剂盒的开发提供依据。方法 挖掘高通量基因表达数据库(GEO)中7套胃癌基因表达谱数据(GSE54129、GSE63089、GSE65801、GSE66229、GSE79973、GSE118897、GSE118916),筛选差异表达基因，并对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析，得到胃癌相关生物学过程和细胞信号通路。对差异表达基因结果进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析，构建蛋白互作网络，使用RRA法筛选网络核心基因。通过CIBERSORT算法进行免疫细胞浸润分析，使用R语言Survival包分析核心基因与总生存率的相关性。结果 通过生物信息学分析，共筛选得到12个网络核心基因(CHGB、COL4A1、THBS1、COL3A1、COL1A1、COL1A2、SPP1、LUM、FGG、TIMP1、VCAN和SPARC基因)。免疫细胞浸润分析显示，与胃癌组织相比，22种免疫细胞中CD4 T细胞在正常胃组织中占主导地位。生存分析结果表明，CHGB、COL4A1、THBS1、COL3A1、COL1A1、COL1A2、SPP1、LUM、FGG、TIMP1、VCAN和SPARC在高、低表达组中P均小于0.05,这些基因表达量与胃癌患者的总生存期显著相关。结论 CD4 T细胞在胃癌的发生发展中起重要作用，CHGB、COL4A1、THBS1、COL3A1、COL1A1、COL1A2、SPP1、LUM、FGG、TIMP1、VCAN和SPARC可能成为胃癌的早期诊断和预后评估的关键靶点。

• 单位
  巴彦淖尔市医院; 呼和浩特市第一医院; 内蒙古医科大学