肺腺癌患者预后风险免疫信号识别TCGA数据资料分析

作者：刘怡君; 高妍; 李宝生^*

来源：中华肿瘤防治杂志, 2020, 27(10): 766-773.

DOI：10.16073/j.cnki.cjcpt.2020.10.03

• 免疫相关基因
• LUAD
• 生物信息学分析
• RNA测序
• 数据挖掘

目的肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)在肿瘤的发生、发展乃至转移过程中起着不可或缺的作用,影响肿瘤的治疗效果。因此,必须寻找一系列与免疫相关的基因来评估TME的免疫状态,并具有判断肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)预后的能力。由于目前已有高通量表达数据,本研究利用全球基因表达数据分析免疫相关基因表达与LUAD患者临床结局的关系。方法使用来自癌症基因组图谱(The cancer genomic maps,TCGA)的RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)数据和微阵列数据研究由LUAD免疫相关基因组成的免疫相关风险信号。结果单变量Cox回归分析结果显示,24个与生存相关转录因子(trans-acting factor,TFs)表达与10个免疫相关基因存在关联。在10个免疫相关基因中,有IGKV4-1、BTK、NRATC1、IL3RA、ADRB2和VIPR1 6个基因与高总生存率(overall survival,OS)相关,FUR2N、FIRL1、GP1和BIRC5 4个基因与低OS相关。总生存分析结果显示,高危组比低危组存在更差的预后,P<0.01。通过受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线发现,免疫相关基因模型可以作为LUAD发病的早期预测因子,ROC曲线下面积(area under curve,AUC)为0.711。Kaplan-Meier plotter结果发现,与临床因素相关免疫基因ANGPTL4 (P=0.001)、CX3CR1(P<0.001)、INHA(P<0.001)、S100A16(P<0.001)和VIPR1(P=0.001)的表达在LUAD队列中与OS有关联。结论 LUAD组织存在免疫相关基因表达,免疫相关基因对预后有正/负相关影响,需要进一步甄别研究。

• 单位
  生命科学学院; 山东第一医科大学; 山东省肿瘤医院; 济南大学; 山东省医学科学院; 山东省肿瘤防治研究院