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摘要
喉毛花属植物是藏茵陈入药基原植物之一，其属下物种关系一直存在争议。为建立稳定的喉毛花属下系统发育关系，本研究为重建喉毛花属下系统发育关系，通过对皱边喉毛花及其4个近缘种进行Illumina二代测序，共获得12个叶绿体基因组，并分析其结构特征与系统发育关系，为喉毛花属下物种分化研究提供可靠的分子依据。结果表明，（1）皱边喉毛花及其近缘种的叶绿体基因组均在150 kb左右，基因总数均为131个，其中编码基因81个，IR区核苷酸多态性较低，编码区比非编码区更保守；（2）除ndhB基因外，其余编码基因均受到纯化选择的作用，皱边喉毛花及其近缘种的密码子偏好性较弱；（3）基于蛋白编码序列（CDS）、第一、二位密码子位置(CDS1+2)、第三位密码子位置（CDS3）以及筛选出的高度变异基因间隔区（ndhC＿trnV-UAC、psbC＿trnS-UGA和psbK＿psbI）序列等不同数据集构建的系统发育关系高度一致，皱边喉毛花、镰萼喉毛花及长梗喉毛花相互嵌套。总之，皱边喉毛花及其近缘种的叶绿体基因组相似度极高，物种之间存在相互嵌套的系统发育关系。研究可加深对喉毛花属系统发育关系的理解，为喉毛花属下物种分化研究提供可靠的分子依据。
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单位中国科学院大学; 生命科学学院; 中国科学院西北高原生物研究所
