基于GEO数据库的肝细胞癌差异表达基因分析

作者：贾乔迪; 李莎莎; 张红宇; 黄炎清; 梁红霞^*

来源：郑州大学学报(医学版), 2021, 56(05): 713-717.

DOI：10.13705/j.issn.1671-6825.2020.09.023

• 肝细胞癌
• 生物信息学分析
• 差异表达基因
• 蛋白相互作用

目的:利用生物信息学分析来识别肝细胞癌(HCC)组织与正常肝组织的差异表达基因,并寻找潜在的诊断分子标志物和治疗靶点。方法:从GEO数据库搜索并下载数据集,通过GEO2R在线分析工具计算差异表达基因,使用韦恩图在线工具识别数据集共同的差异表达基因。对这些共同的差异表达基因用DAVID在线工具进行GO和KEGG通路富集分析,利用Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,并选出关键基因(度值排名前十的基因)。使用GEPIA数据库进行生存分析,评估关键基因与HCC预后的关系。结果:从选出的4个数据集(GSE62232、GSE57957、GSE121248和GSE39791)中鉴定出150个共同的差异表达基因,其中26个表达上调,124个表达下调。KEGG通路分析表明"代谢通路""碳代谢""视黄醇代谢""矿物质吸收"和"补体系统"是重要的通路。细胞色素P4503A4酶(CYP3A4)和酪氨酸转氨酶(TAT)基因与HCC的生存有关。结论:CYP3A4和TAT基因可能成为HCC的诊断分子标志物和治疗靶点。

• 单位
  郑州大学第一附属医院