选择政府间行政协议作为长三角区域主要治理机制,是对几种区域治理机制评估后所得的比较优势结果,也是长三角区域治理实践结果的自然证成。政府间行政协议是实现区域政府法治化的重要抓手,是实现长三角区域一体化高质量发展的制度保障。要让治理机制长期发挥作用,并融入现代政府法治体系,必须从制度层面加以完善,而不是仅仅将其停留在工具使用层面;必须赋予其优先于区域内各地市规章的适用效力,必须建立由最高人民法院第三巡回法庭专属管辖的司法配套制度。