为明确轮作和施用有机肥对滨海灰潮土土壤微生物种群的影响,在3 a定位试验下,采集水旱、旱旱轮作和施用有机肥处理后的土壤样品,进行微生物高通量测序,开展α多样性分析,比较微生物群落丰度值,对真菌做FunGuild预测分析。结果表明:水旱轮作和施有机肥能够增加滨海灰潮土土壤微生物的物种丰富度。在水旱轮作下,细菌种群丰度变化能够保持较多的一致性,而真菌的变化较多样。施用有机肥对土壤微生物种群的影响各异。从真菌的功能分类统计上来看,水旱轮作和施用有机肥更利于腐生营养型真菌的生长。