基于高通量测序对人胃癌组织长链非编码RNA差异表达的分析

作者：余志龙; 戎泽印; 罗再; 章建明; 黄陈^*

来源：上海交通大学学报 (医学版), 2019, 39(09): 956-955.

• 胃癌
• 长链非编码RNA
• 基因芯片

目的·为了探究胃癌的潜在机制,通过基因芯片技术对3对胃癌新鲜组织及其邻近的正常组织进行了长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱分析。方法·通过基因本体(GO)注释分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,对差异表达的lncRNA和mRNA进行功能注释。此外,使用MATLAB 2012b和Cytoscape软件的超几何累积分布函数找到与其相应mRNA的相关性,构建共表达网络。进一步使用定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)在30对胃癌新鲜组织中验证筛选的5种关键lncRNA的差异表达。结果·与正常癌旁组织相比,胃癌组织中发现异常表达的1499个lncRNA和6002个mRNA。qRT-PCR结果显示5个关键lncRNA与基因芯片数据相一致。此外,顺式调控基因分析显示了这些关键lncRNA的染色体定位,揭示了与其相关的共表达基因。反式分析结果表明,有许多转录因子参与调节lncRNA和基因表达。结论·这些胃癌组织中差异表达的lncRNA可能作为新型的生物标志物,并为胃癌靶向治疗提供有价值的信息。

• 单位
  上海交通大学