高通量基因测序仪行业标准的验证

作者：孙楠; 曲守方; 陈样宜; 高飞; 张文新; 于婷^*; 黄杰^*

来源：分子诊断与治疗杂志, 2021, 13(07): 1027-1030.

DOI：10.19930/j.cnki.jmdt.2021.07.002

• 高通量基因测序仪
• 行业标准
• 单核苷酸多态性
• 插入
• 缺失

目的按照制定的高通量基因测序仪行业标准的性能指标,使用测序通量<20 Gb/run且≥2 Gb/run高通量基因测序仪进行验证。方法取测序仪性能评价用脱氧核糖核酸国家参考品的DNA,经过DNA片段化处理、末端修复、接头连接和文库扩增等步骤后构建文库;然后将文库PCR扩增;最后使用测序反应通用试剂盒(半导体法)和BES4000基因测序仪进行测序。结果测序覆盖率为99.99%,测序平均深度为166×。国家参考品中人基因组DNA样本的比对率为86.14%,碱基测序准确率为98.97%;SNP、Indel准确率为95.40%;SNP、Indel灵敏度为85.75%。人基因组DNA、人乳头瘤病毒11型基因组DNA、大肠杆菌基因组DNA和高GC含量细菌基因组DNA样本的一致序列准确率分别为99.94%、100%、99.95%和99.88%。国家参考品进行三次重复测序,重复性结果均符合要求。结论制定的行业标准可以用于高通量基因测序仪的性能评价,为产品注册检定及上市后监督管理提供依据。

• 单位
  东莞博奥木华基因科技有限公司; 中国食品药品检定研究院