高新技术企业认定专项审计在过去十多年间得到了不断完善,但实践中仍面临着不少困难和问题。为了能够顺利解决审计工作中的实际问题,降低审计风险,本文重点剖析了专项审计中面临的主要问题和困难,深入探讨了会计师事务所的有效应对措施。