基于GEO数据库芯片筛选支气管哮喘的关键基因及生物信息学分析

作者：周未来; 李俊; 赵泰安; 李莹; 贺淼

来源：中国免疫学杂志, 2022, 1-18.

• 支气管哮喘
• 支气管镜管腔内活检
• 加权基因共表达网络分析
• 微小RNA

目的：利用利用生物信息学方法寻找与哮喘发病相关的关键基因并讨论其分子机制。方法：对GSE143303芯片数据进行加权基因共表达网络分析（WGCNA），筛选出与哮喘发病显著相关的模块，并对模块基因进行蛋白质相互作用网络分析（PPI）、功能及通路富集分析。将WGCNA分析结果与差异表达基因取交集得到关键基因，使用miRDB，miRwalk数据库预测关键基因的上游miRNA，并利用Cytoscape构建关键mRNA-miRNA调控网络。利用数据集GSE147878对关键基因表达量进行验证，依据ROC曲线评估关键基因的诊断价值。结果：magenta模块和purple模块基因与哮喘显著相关，主要涉及Wnt信号通路，细胞黏附等。共得到13个关键基因，包括ATP6V1G1、TXNDC17、NDUFA4、RHOA、SEC61B、RPS3A、PSMC5、MBP、SMARCC2、GNL3L、RPL7L1、RAD21及其潜在的miRNA-mRNA调控网络。结论：ATP6V1G1、GSPT1、SEC61B等关键基因在支气管哮喘中起重要作用，并具有一定的临床诊断价值。

• 单位
  中国医科大学; 公共卫生学院