科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
通过对石榴（Punica granatum）全基因组的研究，鉴定了ZF-HD基因家族，以深入了解其基因功能。基于系统的生物信息学分析，共鉴定15个PgZF-HD基因，编码蛋白质的氨基酸数量在98～365个，PgZF-HD03和PgZF-HD04为酸性蛋白质，其余的家族成员均为碱性蛋白质，所有家族成员均为不稳定的亲水性蛋白质，超过70%的蛋白质定位在细胞核上。二级结构中，β-折叠所占比例最低，无规则卷曲所占比例最高。系统进化树分析将15个PgZF-HD基因分成5类，分别为ZF-HDⅠ、ZF-HDⅡ、ZF-HDⅢ、ZF-HDⅤ和MIF,ZF-HDⅢ类别中包含了最多的PgZF-HD成员，没有PgZF-HD基因被归到ZF-HDⅣ类别中。基因结构和保守基序分析发现，motif2和motif4高度保守且均含有多个高度保守的活性位点，ZF-HDⅡ类别中motif数量最多，motif8只在ZF-HDⅠ类别的基因中被鉴定到。大部分PgZF-HD基因只有1个外显子，基因结构简单，同一类别的基因具有相似的保守基序和基因结构。染色体定位和基因复制分析发现，15个PgZF-HD基因不均匀地分布在石榴的8条染色体上，鉴定到3对基因存在大片段复制事件，不存在串联重复事件。启动子分析表明，PgZF-HD基因在植物激素响应、生长发育和逆境胁迫响应等方面均发挥重要作用。
- 单位
