利用生物信息学分析LMO2在乳腺癌中的表达和功能

作者：张**; 李彦姝^*

来源：中国医科大学学报, 2021, 50(05): 390-397.

• 乳腺癌
• 肿瘤的基因表达调控
• LMO2

目的探讨LMO2在乳腺癌中的表达及其共表达基因的生物学作用。方法通过Oncomine数据库挖掘LMO2在多种肿瘤中的表达水平,并基于基因表达谱数据动态分析(GEPIA)及人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库检索LMO2在乳腺癌组织与正常组织中的表达差异。采用KM plotter数据库评估LMO2在乳腺癌中的预后价值。利用Coexpedia数据库构建LMO2在乳腺癌中的共表达基因网络,并用FunRich软件对score>3的共表达基因注释;通过GEPIA筛选出差异有统计学意义的关键基因,进一步分析LMO2与这些关键基因的相关性,并对这些基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集。结果乳腺癌组织中,LMO2mRNA和蛋白表达较正常乳腺组织均明显下调(P <0.05),LMO2低表达预示着乳腺癌患者更差的预后。LMO2的共表达基因主要有ADGRL4、GIMAP6、PECAM1、TGFBR2、MEF2C、CD93、S1PR1、LHFP、GMFG、A2M、LDB2、KCTD12、PTPRB和CAV1。其生物学功能主要富集于信号传导等方面。其中,表达显著上调的基因有CAV1,显著下调的基因有GIMAP6、TGFBR2、LHFP和PTPRB(P <0.05)。LMO2与GIMAP6 (r=0.51)、TGFBR2 (r=0.46)、LHFP (r=0.52)、PTPRB (r=0.48)和CAV1 (r=0.43)等关键基因的表达呈显著正相关。结论 LMO2在乳腺癌组织中呈低表达,LMO2与GIMAP6、TGFBR2、CAV1等关键基因共同参与了乳腺癌发生相关的功能与通路。

• 单位
  生命科学学院; 中国医科大学