高通量生物信息学分析对经皮冠状动脉介入术后支架内再狭窄过程核心发病基因以及通路的预测

作者：蔡睿; 王维铁^*

来源：中国免疫学杂志, 2021, 37(16): 2008-2011.

• 生物信息学分析
• 基因测序
• Cytoscape
• Cytohubba

目的:探讨经皮冠状动脉介入(PCI)术后支架内再狭窄(ISR)过程核心发病基因以及通路。方法:选取6例PCI术后ISR患者及5例PCI术后支架内未狭窄的患者血液进行RNA的提取与鉴定并进行测序。利用生物信息学分析方法分析测序结果。R语言以及limma数据包对原始数据均一化矫正,GEO2R筛选差异表达的基因。DAVID在线分析软件对差异基因进行基因符号转换及信号通路预测。STRING在线软件对差异表达基因进行蛋白互作网络分析。Cytoscape对互作网络分析结果进行可视化处理,并应用内置软件cytohubba筛选出ISR发病过程的核心基因。结果:总共对49 395个编码基因进行检测,经R语言对患者基因测序数据均一化处理后数据离散度较小。GEO2R对均一化处理数据结果进行计算后筛选出96个差异上调表达和184个差异下调表达的基因,差异基因数据源间具有相似性。信号通路聚类分析显示溶酶体相关通路为富集程度最高的信号通路。Cytohubba根据Degree算法排列出10个ISR发病相关基因,基因数据源间具有相似性,其中发病基因HCK评分最高(14分)。结论:生物信息学分析显示HCK为PCI术后ISR发生的关键基因,而溶酶体介导的相关通路为ISR发病过程中关键的信号通路改变。

• 单位
  吉林大学; 吉林大学第二医院