本发明公开了一株耐酸且兼性厌氧的锰氧化细菌及其应用,该细菌为短芽胞杆菌,分类命名为Brevibacillus brevis MM2,已保藏于广东省微生物菌种保藏中心,保藏编号为GDMCC NO:60819,保藏日期为2019年10月23日。本发明的短芽胞杆菌(Brevibacillus brevis MM2)具有耐酸能力,且为兼性厌氧菌,使其环境适应性更强,可用于酸性矿山废水或酸性工业废水中重金属的去除,可适应不同溶解氧条件下的废水,同时也适合用于缺氧环境下的生物原位修复技术。