目的:研究胎儿系统超声检查应用于胎儿先天畸形诊断中的临床价值。方法:择取我院2017年10月—2019年2月期间接受产检的526例孕妇研究对象,先后接受常规超声与系统超声检查,比较两种超声检查结果。结果:根据引产和生产结果,可知共有42例胎儿为先天畸形,畸形发生率率为7.98%;系统超声检查正确率高于常规超声,组间差异存在统计学意义(P <0.05)。结论:系统超声检查应用于胎儿先天畸形诊断中应用价值较高,对于提升人口出生质量应用价值较高,值得在临床上应用。